Tokyo è sopraffatta da letali forze soprannaturali, evocate da un pericoloso occultista, che hanno causato la scomparsa della popolazione della città in un lampo.

Alleati con una potente entità spettrale nella sua sete di vendetta e padroneggia un potente arsenale di abilità per rivelare l'oscura verità che si cela dietro a questa scomparsa, man mano che affronti l'ignoto in Ghostwire: Tokyo.