La storia di Puzzle Bobble Everybubble! Porta Bub, Bob, Peb e Pab sulle Isole Arcobaleno, dove vive Miniroon, un misterioso personaggio simile a Bub. Un bel giorno all’improvviso Miniroon inizia a soffiare tantissime bolle, ricoprendo l’intera isola e causando problemi ai suoi residenti.

È ora che intervengano i nostri quattro simpatici draghi delle bolle ed aiutino Miniroon a fermare le sue incontrollabili bolle!

In questa ultima avventura, i giocatori devono far scoppiare ancora una volta le bolle passando per dei livelli incredibilmente tosti ma divertenti. Per aiutarsi nella loro impresa, possono utilizzare numerosi oggetti e stratagemmi o provare a fare del loro meglio da soli.